有關「財政部關務署高雄關（下稱高雄關）違法沒入並銷毀乙億有限公司（下稱乙億公司）所有貨櫃物品，致生鉅額國家賠償」案，賠償金額高達新臺幣25,062,365元，監察委員方萬富、蔡培村及仉桂美業於105年4月6日提出調查報告及糾正案，糾正財政部關務署(下稱關務署)，並函請行政院農業委員會（下稱農委會）檢討改進。
糾正案文指出，本案法院判決高雄關負國家賠償責任，主要係認為關稅法第80條及第96條之適用，應依具體情況而為適用。海關查獲不得進口之貨物，應衡量主管機關對於各該物品管制之目的、對於社會公益之危害程度及當事人之權益，求得在管制目的與當事人權益之平衡。因此，在不得進口之貨物，對於社會公益之危害程度不大，退運即可達管制之目的者，即應優先適用該法第96條之規定。本案應適用關稅法第96條退運之規定，而高雄關卻於沒入處分前，即執行銷毀，於法即有未合。
經查，高雄關於94年3月間查核發現申報不符之一批香菇，即於同年8月函請關務署轉呈財政部釋示，經財政部函釋後，高雄關即於同年11月，以系爭香菇非屬臺灣地區及大陸地區貿易許可辦法第7條規定准許輸入之大陸地區物品，為關稅法第15條第3款規定不得進口之物品，依行為時有效之關稅法第80條規定應予沒入，簽准沒入系爭香菇；並依行為時走私進口農產品處理辦法規定，將系爭香菇交付農委會委託之屏東縣農會銷毀。惟迄至94年12月7日，始對乙億公司核發沒入處分書。
高雄關雖依財政部函示，依行為時有效之關稅法第80條規定簽准沒入系爭香菇。惟依當時有效即94年3月24日修正施行之關稅法施行細則第59條規定，有關銷毀之執行，應先依關稅法第80條為沒入處分後始為之，若未經沒入處分，應無執行銷毀之依據。又其未依行政程序法第92條第1項、第110條第1項規定，對受處分人乙億公司核發沒入處分書並送達相對人，則該「沒入」之行政處分即未生效，且亦未待確定，即逕行移送銷毀，致銷毀失其法令依據，自有違誤。關務署為辦理全國關務業務之主管機關，並分設各關以應轄區業務需要，其未能督導所屬落實依法行政，致生鉅額國家賠償，核有嚴重違失。
又關務署所屬海關現行農產品移送處理之相關實務作業，未確實踐行農委會於102年4月2日修正之「走私進口農產品處理要點」相關規定，顯有未當。經核均有嚴重違失，爰依法提案糾正，並函請農委會檢討改進。
財政部就本案缺失之改善情形如下：
一、 修正相關規定，避免類此情形再度發生：本案所涉行為時之關稅法第80條、關稅法施行細則第59條、走私進口農產品處理辦法等爭議規定，均已適時辦理檢討修正，以利關員執行，類此案件未來當無再發生之虞。
二、 懲處違失人員，以資警惕：本件高雄關承辦人、股長及課長分別予以申誡懲處。
三、 加強法制教育，提升同仁專業知能。
四、 有關海關現行農產品移送處理之相關實務作業，關務署於105年5月6日函知所屬機關，相關處理流程加強管控及處理依據明確化。
至農委會所涉缺失部分，該會業於105年2月1日函知關務署、行政院海岸巡防署、內政部警政署等單位，緝獲走私之進口農產品後，如擬移送該會協助銷毀，應依「走私進口農產品處理要點」規定，於相關公文書載明「業經沒入處分確定或檢察官執行沒收」及「可提領銷毀」之文字。而105年1月至4月，海關函請該會委託執行單位提領走私農產品共計11件，皆已依上揭要點規定及該會要求辦理；該會並將持續督導委託單位，確實依該要點執行走私進口農產品提領銷毀作業。