交通部為改善臺灣與馬祖間海上運輸，經行政院98年12月核定「購建新臺馬輪計畫」，原預定102年開始營運，卻遲至104年8月12日首航。開航後，復陸續發生艏門變形、燃油管漏油及發電機無法送電等設備故障情事，經監察院調查後，於105年5月糾正交通部、連江縣政府，要求儘速檢討改善。
監察院調查發現，交通部於購建臺馬之星案，未善盡經費補助機關督導責任，致展延計畫執行時程；連江縣政府因多項履約爭議，致建造進度落後；又臺馬之星首航後，委外營運，發生服務品質、船員管理及船舶設備等問題，嚴重影響臺馬間海運服務，均有疏失。
在監察院調查追蹤下，連江縣政府對於船廠無法如期交船部分，已依約扣取違約金新臺幣（下同）3億5,853萬餘元；載重不符合契約之規定，亦扣減契約價金9,031萬餘元；同時，亦將船員訓練納入採購契約規範，要求船廠依約實施船員訓練。至交通部則已責由該部航港局組成「臺馬之星總體檢小組」進行船體、機器設備缺失之檢視。另，為改善運輸效能，自105年5月1日旅遊旺季起，臺馬航線週五及連續假日前夕，「臺馬之星」與「臺馬輪」施行雙開作業。
監察院認為臺馬之星非因海象因素而停航及無預警停航之情事，確已造成旅客不便，引發民眾質疑臺馬之星造船品質或營運績效不佳之觀感，監察院將持續追蹤其改善情形，期使交通部及連江縣政府就臺馬之星多次停航事件進行通盤檢討，並研擬誤點或停航因應措施。