審計部101、102、103三年度中央政府總決算審核報告均指出，逾七成國立大學之預算執行未達收支平衡，難符國立大學校院校務基金設置條例、國立大學校院校務基金管理及監督辦法等相關規範，致實施校務基金校院仍仰賴政府補助經費挹注其營運，相關預算執行、資金轉投資、受贈款資訊之透明等面向，均有待檢視、改進，故監察委員陳小紅申請自動調查。
依據審計部上開資料，103年52所國立大學校院之校務基金短絀雖較前一年縮小（103年短絀49億9,386萬餘元；102年短絀52億8,537萬餘元；100年短絀51億4,814萬餘元）；整體校務基金5項自籌收入固然亦逐年微幅增加，然仍有半數學校該自籌收入未達總收入之2成。前述情形與國立大學校院校務基金設置條例第11條、國立大學校院校務基金管理及監督辦法第6條第2項「基金收支預算執行，應以有剩餘或維持收支平衡為原則」暨「如實際執行有短絀情形，學校應擬具開源節流措施」之相關規範未合。
此外，資料顯示52所國立大學校院受贈現金高達20億7,785萬餘元，各校並皆訂有捐贈收入收支相關規定，惟各校受贈款項公開徵信機制未臻周延，對外資訊揭露亦待強化。又各校於法令鬆綁後，如何經由多元投資管道，提高資金運用率，以增益基金投資報酬，確保基金財務之永續經營，於校務基金運作近15載後，仍有進一步調查之必要。