監察院交通及採購委員會針對審計部函報105年度中央政府總決算審核報告，臺灣港務股份有限公司（下稱臺灣港務公司）對轄管商港碼頭之維護管理有未納入風險評估概念、未善用資訊系統、碼頭構造物缺乏一致性之檢測評估標準等缺失，於107年11月13日下午召開審查會議並決議函請交通部督同所屬臺灣港務公司等機關確實檢討改進。
監察委員陳小紅、章仁香表示，臺灣港務公司辦理所轄港埠碼頭之維護管理，確有審計部函報未納入風險評估概念並建立碼頭維護管理機制，且未善用資訊系統協助維護管理決策，不利碼頭永續經營等缺失；惟該公司於101年政企分離後，先制定「臺灣港務股份有限公司各項設施之巡查、維護權責作業要點」，並自103年起分4年逐步建置工程資訊管理系統，循序完善碼頭維護管理機制，嗣後為因應極端氣候變遷，於107至110年委託運研所辦理「各國際及國內商港港灣構造物維護管理計畫」等，惟其辦理成效尚待建置完成、實際操作使用後之檢驗。
監察委員陳小紅、章仁香亦指出，臺灣港務公司辦理所轄碼頭構造物之維護管理，確有審計部函報缺乏一致性之檢測評估標準，難以確保設施完善及船舶停靠安全等缺失；惟該公司業於106年與交通部運輸研究所（下稱運研所）合作研訂「港灣設施維護管理制度及手冊」，運研所先前自行研發完成之花蓮港及基隆港（包括臺北港、蘇澳港）港灣構造物維護管理資訊系統，亦將配合上項推動成果微調修正，預計110年完成，臺灣港務公司允應積極妥適辦理，俾確保各港碼頭構造物之檢測評估標準及資訊管理系統可趨於一致。
調查報告坦言，我國國際商港運量在發展及全球之地位上，有逐年下滑的趨勢。以高雄港為例，2000年時，還位居全球第3大貨櫃港，2011年已下滑至全球第13名。主要原因係臺灣對外經貿結構轉型與廠商外移，使得進出口貨源成長趨緩；又鄰近大陸地區經貿高度成長與港口崛起，更導致我國港埠轉口績效停滯。其次，當時的港務局「政企不分」、「球員兼裁判」，不但經營港埠業務，同時也身兼商港管理及當地航政主管機關，資源配置重覆，經營效率及競爭力低下。
監察院調查小組分別於107年7月16日、同年月19~20日現場履勘基隆港、臺中港及高雄港，聽取簡報並詢問交通部航政司、運研所、運研所港研中心、航港局、臺灣港務公司、基隆港務分公司、臺中港務分公司、高雄港務分公司等相關主管人員。認為航港改革既已完成，臺灣港務公司各港現階段碼頭設施維護管理允應配合國家港埠上位政策及商港整體發展規劃，避免各港間不當競爭、有效利用資源、降低營運成本、提升整體競爭力，以因應國際海運環境變遷等挑戰。交通部務須督同所屬航港局、運研所、港研中心、臺灣港務公司暨轄下各分公司確實檢討改進。