金門港分為料羅、水頭及九宮三港區，料羅港原為國內商港，港埠設施簡陋，89年公告實施小三通後，料羅港埠設施因未能配合運量及時改善，碼頭船席及倉儲空間不足，缺乏貨櫃集散站，且未建置貨物通關自動化設備，貨櫃直接於碼頭拆併、儲放，滋生掉包走私、夾藏管制品之不法誘因，走私案件頻仍，不利國課，且潛藏毒品私運問題，影響國家安全。監察院財政及經濟、內政及少數民族委員會聯席會議於今日通過仉委員桂美提案，糾正金門縣政府、財政部關務署及其所屬高雄關。
糾正案文指出本案缺失如下：
一、 料羅港為小三通貨物通航港口，進出口貨物來源地及貨物性質皆屬高風險因子，關務署高雄關於98年間公告實施貨物通關自動化，多次協調金門縣政府建置所需設備，該府遲至102年始審慎評估並編列於103年度預算，未獲縣議會審查通過後，即未再編列該項預算，料羅港迄未建置貨物通關自動化設備，有礙貨物通關效率，並影響海關查緝效能。
二、 料羅港港埠設施簡陋，國內線及小三通航線共用碼頭船席，貨物混合堆置港區，貨棧倉容不足，金門縣政府為該港經營管理機關，雖於101年協調撥用國防部土地擬籌設貨櫃集散站，另研提填築新生地設置物流倉儲區等改善建設計畫層報行政院於103年核定，惟相關計畫或尚待協調或期程久遠，該府未能迅行採取有效改善因應作為，港區管制鬆散，保稅貨物存放專區缺乏實質管制效果，肇生走私誘因。
三、 進口走私方式，主要係申報一般准許進口類貨品，實際來貨夾藏或匿藏管制物品、違禁品。出口走私方式，則是虛報矇混出口，或利用料羅港區腹地狹小且國內航線貨物及小三通貨物未予區隔，混合堆置之缺漏，伺機將保稅貨物裝運於國內線貨輪，走私回流臺灣。
四、 料羅港迄未實施貨物通關自動化且港埠設施簡陋，為走私高風險地區，關務署暨其所屬高雄關職司通關查驗及邊境管制，卻未能善盡風險管理，積極加強稽核查驗密度及精進查緝走私等相關監管作為，以遏阻不法，走私案件頻仍，恐形成監管缺口，損及國課，且潛藏毒品私運問題，影響國家安全。