交通部臺灣鐵路管理局辦理二層行溪橋改建工程，未依整體目標提出規劃設計基準，有效控管設計作業審查期程，完成用地徵收及鑑界作業，衍生履約爭議，導致工程延遲逾7年。監察院交通及採購委員會103年6月10通過監察委員劉玉山、劉興善、趙榮耀提案，糾正交通部臺灣鐵路局。
糾正案文指出本案缺失如下：
一、 「臺灣鐵路更新軌道結構計畫」整體目標為「西部縱貫線行車速度提高為130公里/小時」，惟臺鐵局卻未據此提出規劃設計基準，待設計顧問公司依約提出基本設計書圖後，始要求提高曲線段行車速度，致增加作業時間達2年餘，延宕工程發包期程，核有疏失。
二、 臺鐵局未於招標前詳實評估設計審查所需天數，亦未依契約預定進度表覈實控管設計作業審查期程，致實際審查總天數逾契約預估審查期程達243天，嚴重影響工程發包期程，確有未當。
三、 臺鐵局未積極辦理「二層行溪橋改建工程」發包作業，致因經費不足而暫停發包達3年餘，又輕忽老舊橋梁結構安全，核有怠失。
四、 臺鐵局未正視二層行溪橋老舊鋼梁橋改建迫切性，任由北岸用地徵收失效；重新提報「環島鐵路整體系統安全提昇計畫」時，未能於工程開工前完成用地徵收及鑑界作業，影響施工廠商進場時程，延遲完工期限，漠視鐵路橋梁安全，核有未當。
五、 本案工程98年間重新辦理發包，距細部設計完成已逾4年，臺鐵局卻僅以招標文件中工程設計圖附註方式，省略檢討評估原設計資料與現地條件差異，致使舊橋防護工項變更案懸而未決，進而衍生履約爭議，嚴重影響工程進度，導致施工期間舊橋沉陷及傾斜，影響行車速度與安全，核有疏失。