嘉義縣政府辦理「嘉義縣擴大縣治污水處理廠新建工程暨操作營運」採購案，工期展延及增加工程費用，嚴重損及政府權益。監察院內政及少數民族委員會103年5月8日通過監察委員陳永祥、葛永光提案，糾正嘉義縣政府。
糾正案文指出本案違失情形如下：
一、 嘉義縣政府辦理「嘉義縣擴大縣治污水處理廠新建工程暨操作營運」採購案，採購評選逾越法定權限，將非屬評選項目廠商建議工程變更（含追加）方案，於評定最有利標時作成同意研辦決議，處事草率，嚴重損及政府權益。
二、 嘉義縣政府依本案採購評選委員會逾權所作決議，辦理工程追加及變更，審計部及工程會質疑縣府事先未評估可行性、效益及必要性，相關作業明顯失當，肇致工期展延226天，工程經費增加9,762萬餘元，並衍生履約爭議訴訟，嚴重損及政府權益。
三、 嘉義縣政府辦理本案工程，未按核定計畫推估污水量，也未考量醫療專區及其他區域開發時程，妥為整體規劃污水處理廠容量，以兼顧未來處理功能提昇及擴建彈性的原則，分期興建污水處理廠及設置各項處理設備，完工啟用後因污水量不足，致多數設備僅能輪流使用或定期試運轉；又因污水處理廠規模超量設計，致仲裁判斷及民事訴訟結果，均以「情事變更原則」，核予廠商25元/噸之操作營運費用，遠過契約所訂8元/噸之3倍餘。不僅減損設施使用效能，並額外增加操作營運費用約2,818萬餘元，損及政府權益，實有違失。
四、 嘉義縣政府無視本案工程契約書條款規定，草率同意備查不符契約規定的試車計畫書，原試車期間為12個月，卻提早7個月辦理驗收，致生履約爭議，並失仲裁利基，且相對提高試車費用，即需支付5個月試車費用1,057萬餘元(原契約12個月為997萬餘元)，損及國家權益，實有違失。
五、 嘉義縣政府對本案操作營運期限爭議，未能及早研擬相關因應對策，又無視承商多次函催操作營運將屆期，及時辦理後續採購或接管事宜；更未對承商將依仲裁判斷計算營運費用表示意見，任由承商逾契約期限仍持續操作營運4個月，額外增加費用336萬餘元，實有違失。
六、 嘉義縣政府將本案工程專案管理（PCM）決標予國立中山大學，廠商資格條件不無疑義。工程會90年間曾函示「如非屬研究發展性質之勞務採購，不適合委託學校辦理」；教育部也認為「大學辦理產學合作，當以教學、研發及其應用、各類人才培育為要」。本案遴選學校擔任專案管理廠商，實有未當，且易引起爭議，應檢討改善。