曾文水庫於民國68至78年，主流河段上游設置6座大型攔砂壩，遭指控嚴重衝擊溪流生態及生物多樣性，影響當地居民生活型態及基本生存權，監察院財政及經濟委員會103年4月18日通過監察委員周陽山、劉玉山調查報告，要求經濟部、農業委員會、原住民族委員會確實檢討改善，確保居民權益及水庫永續利用。
監委周陽山、劉玉山表示，經濟部、農委會承諾加強與當地居民溝通及納入住民意見，同時積極請在地住民協助執行集水區保育工作；原民會也將建立原住民參與機制，保障原住民基本生存權益。
調查監委指出，曾文水庫營運已屆滿40年，但因歷年來颱風洪水事件不斷，攔砂量至98年高達1,960萬立方公尺，高出原設計值1.5倍。莫拉克颱風後，每年水庫淤積量高達700萬立方公尺，減淤工作刻不容緩。
調查報告提出改善意見如下：
一、曾文水庫及其集水區因莫拉克風災後土石淤積嚴重，經濟部應依職責及特別條例規定，加速辦理清疏工作。
二、曾文水庫集水區保育工作涉及水、土、林等各相關主管機關，為達水庫永續利用，經濟部應妥善分配既有資源，以達成減淤、清淤及防淤目標，延長水庫使用壽命。
三、曾文水庫上游主流攔砂壩淤積範圍擴大，涉及私有地部分，應依法補償。
四、曾文水庫上游主流攔砂壩宜建置安全評估機制，確保壩體安全無虞。