行政院質疑監察院原公告於監察院網站，有關「政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例」(下稱黨產條例)聲請釋憲理由書及調查意見內容，遭下架並重新修改內容的說法，監察院提出說明，係肇因於原調查意見及聲請釋憲理由書以連結方式上網，接獲多人反映無法順利連結取得聲請釋憲理由書。嗣經承辦單位下架，分別重新上網時，漏未將原調查意見「前言」部分，一併上網所致，並無外界質疑監察院將該調查意見內容刪除、修改之情事。
監察院據民眾陳訴，黨產條例於105年8月10日制定公布，行政院除未移請覆議及聲請釋憲外，並設置不當黨產處理委員會，違反「中央行政機關組織基準法」之限制規定，其相關行政作為違反法治國原則與正當法律程序原則等情。經監察委員仉桂美、劉德勳調查後，於106年3 月22 日檢附調查意見函請行政院於3個月內研處見復。
上開監察院調查黨產條例案，其調查意見之前言部分，僅是調查緣起、調查過程之簡要說明，此次因下架重新上傳時漏列，致造成今(29)日報載所謂刪除、更改調查意見等之誤解。另外監察院於106年3月22日函請行政院研處之公文，本已包含下架前之調查意見前言部分。基此，監察院已重新將漏列「前言」部分之調查意見重新上網公布，以澄清誤解。