監察院與審計部近年來屢發現政府捐助之財團法人行政監督缺失或待改善之問題，104年度中央政府各主管決算列有政府捐助之財團法人總計158個，基金總額新臺幣(下同)2,579.28億元，其中政府捐助基金2,073.99億元，占80.41％，當年度另接受政府補助及委辦經費494.42億元。上開政府挹注財團法人經費運用效益及政府對各該財團法人監督成效，向為各界關注焦點。
經監察院近年來立案調查、審計部促請改善及行政機關檢討查處下，政府捐助財團法人之行政監督機制漸趨周延，已有效促進財團法人「透明治理」與「公共課責」，提升其運作效能與效率。茲就近年來政府捐助財團法人通案性問題，監察院與審計部合力督促改善之具體成果，說明如下：
一、部分政府捐助之財團法人接受政府捐助，逕認來自私人
團體，稀釋政府捐助比率，規避預、決算送審之立法監 督
監察院經參採審計部意見，就權責機關對於政府捐助金額之認定範圍及比率之設算基準等規範欠周，且基準歧異，肇致稀釋政府捐助比率等情，提案糾正行政院。行政院已督促行政院主計總處（下稱主計總處），就政府捐助金額及比率之設算基準研議一致性規範，並通案要求各主管機關遵照辦理。
各主管機關重新審視財團法人之政府捐助金額及比率後，計新增列管政府捐助之財團法人26個，104年底期末基金總額116.42億元，其中政府捐助基金75.04億元，占64.46％，使原係政府捐助之財團法人，回歸政府監督列管，公共資源業獲妥適維護，且有效促進法人良善治理。
二、部分日本撤退後臺灣接收其所遺留財產而成立之財團法人，官派董監事席次未過半，法人治理機制未臻完備，迭遭輿論訾議
經濟部主管之財團法人台灣武智紀念基金會〔原名台灣糖業協會，係屬台灣糖業公司（下稱台糖公司）接收日本撤退臺灣所遺留財產而成立之財團法人，簡稱武智基金會〕，為政府捐助之財團法人。惟查該基金會董監事席次中，竟無政府代表，且主管機關經濟部亦未依法將該財團法人預、決算書函送立法院審議，不利立法院監督職權之行使。
經審計部函報，監察院派請委員調查後，台糖公司已於104年3月選任該協會第7屆董事7席與監察人3席，均為台糖公司現任主管兼任，並於104年5月25日向法院辦竣變更登記。台糖公司於辦竣上述董事及監察人變更登記後，經洽武智基金會辦理交接事宜，惟該基金會以其向法院所提「確認台糖公司捐助武智基金會關係不存在」之訴，尚未定讞，遲未配合辦理，嗣最高法院於105年1月20日駁回武智基金會之訴後，始同意於105年3月15日辦理移交事務，台糖公司派任董事於是日正式接管該財團法人，使其回歸政府監督列管。
三、主管機關對部分財團法人未評估捐助效益，甚至未將預、決算書送審，且未連同政府具控制權之財團法人資料，一併通報銓敘部，不利預防退休公務人員受領雙薪及公保養老給付優惠存款利息
政府捐助基金比率逾50％之財團法人，未經主管機關依預、決算法相關規定，評估政府捐助效益，甚未將預、決算書送審，並通報銓敘部公告，如：華欣文化事業中心、惠民醫療救濟基金會、台灣糖業協會、七星及瑠公農田水利會捐助成立之6家基金會(政府捐助基金比率均為100％)；政府具控制權之財團法人，未經具控制權機關依公務人員退休法令規定，通報銓敘部公告，如：中華民國對外貿易發展協會(政府捐助基金比率50％)100％捐助成立之台灣貿易中心。
經函請主管機關督促改善後，政府捐助或具控制權之財團法人，業經主管機關或由捐助機關通知主管機關辦理捐助效益評估，及預、決算書送審作業，銓敘部亦已列入公告。
四、財團法人法之制定延宕多年，迄未完成立法程序
監察院前於98年2月提案糾正行政院及法務部，審計部逐年(98至105年)追蹤，並建請行政院督促推動立法作業，俾政府捐助之財團法人監督機制早日法制化。
法務部已於102年5月底將財團法人法草案陳報行政院，行政院經召開8次會議討論，完成審議，並於105年4月18日函送立法院審議，嗣雖為因應政府改組，於105年6月23日函請立法院同意撤回草案，法務部已就原送法案內容檢討修正，再度於105年12月15日將草案陳報行政院，該院於同年底召開審查會議審查草案內容，期能儘速函送立法院審議。
五、政府捐助之財團法人章程所定解散後賸餘財產之處置方式未盡周延，不利公共資源之妥適維護
大學入學考試中心基金會等6家財團法人，係由中央政府機關(事業)捐助成立，其政府累計捐助基金比率逾50％，且累計捐助金額均超過1,000萬元。該等法人基金餘額與法院登記財產總額合計分別為9.96億元及9.91億元，擁有鉅額資源及財產，業務性質具全國性。
上述法人之捐助章程對於解散後賸餘財產之處置方式，均規範應歸屬於各該法人住所所在地之地方自治團體，而未明定應解繳國庫或其處置應報請主管機關核准，易使原屬全國性之公共資源，僅由特定行政區域受惠，不利公共資源之妥適維護。
經審計部於104年6月15日函請行政院督促改善，相關政府捐助之財團法人已配合修正章程，明定解散後賸餘財產解繳國庫、悉數捐贈中央政府或由主管機關指定之機關團體所有。
六、政府財政困難，仍持續匡列鉅額預算捐助財團法人，公共資源配置之經濟性迭受質疑
中央各機關主管之財團法人，102至104年度接受政府捐助基金，由1,940億餘元提高至2,073億餘元，增加133億餘元；接受政府一般捐助與委辦經費，由476億餘元提高至494億餘元，增加18億餘元。惟同期間中央政府歲入歲出差短分別為1,253億餘元、1,271億餘元及100億餘元。中央政府104年底公共債務未償餘額，累增至5兆3,011億餘元(占GDP34.56％)，政府財政結構持續弱化，惟各年度對財團法人之資金挹注未減反增，公共資源配置之經濟性迭受質疑。
經審計部於105年6月29日函請行政院督促改善，主計總處已另促請地方政府依其所定相關機制，或參照行政院函頒「政府捐助之財團法人財務監督要點」等規定，加強檢視控管對財團法人之捐助情形，俾提升政府整體財政效能；國家發展委員會將持續責成各主管機關本零基預算精神，視必要性及迫切性核實編列補（捐）助及委辦財團法人計畫預算，以減輕政府財政負擔。
七、政府捐助之財團法人資產規模龐鉅，惟投入創設目的業務支出比率偏低，無法有效達成創設目的
台灣郵政協會(政府捐助基金比率100％)104年底現金、銀行存款與基金及長期投資高達9.40億元，104年度創設目的業務支出僅0.32億元，占比3.44％，較上(103)年度同比率4.73％未增反減。
經審計部於105年6月29日函請行政院督促改善，依交通部查處結果，台灣郵政協會105年度之預算編列創設目的業務支出，已較104年度高，交通部將持續督導該協會加強辦理相關業務。另台灣郵政協會董事會已於105年8月22日決議將95筆土地及1處房屋捐贈財政部國有財產署，期能協助政府藉以辦理相關公益事務。
法務部並已參考上述案例，對於政府捐助之財團法人如已無達成設立時之目的、效益不彰或情事變更，而無存續之必要時，主管機關得命其解散，明定於財團法人法草案第58條條文中。
八、部分財團法人核發獎金及預算編列福利項目之合理性，迭遭質疑
立法院審查102年度中央政府總預算案通案決議，自102年度起，政府捐助成立之財團法人年終獎金(包括工作獎金、考核獎金、考績獎金或績效獎金)，應比照公務人員標準考核發放。惟查台灣網路資訊中心人事規定，員工考績獎金甲等者1個月，乙等者為1個月以下，未依上開決議明定比照考列乙等公務人員領0.5個月。
立法院審查104年度中央政府總預算案通案決議，自104年度起，各財團法人不得再發放高層主管之房屋津貼。惟查農業信用保證基金105年度預算書，雖未編列高層主管之房屋津貼，卻編列首長宿舍租金，亦即由財團法人承租房舍配供首長使用，迭遭外界質疑其合理性。
經審計部於105年6月29日函請行政院督促改善，交通部查處結果，台灣網路資訊中心年終工作獎金及考績獎金均比照公務人員標準發放；農業信用保證基金105年度預算編列之首長宿舍租金已刪除，另首長宿舍亦停止承租。
監察院及審計部將持續就政府捐助財團法人之各項監督，施予合規性、洞察性及前瞻性之通案查察，有效促進政府捐助財團法人之行政監督機制改善與精進，共同為人民之荷包把關。