審計部103年度中央政府總決算審核報告審核意見指出，全國廚餘回收分離清運系統及多元再利用模式，歷經多年推廣並完成建置，惟尚未能有效發揮功能，亟待突破困境，達成再利用之推展目標等情，監察院認有深究之必要，推派監察委員組成專案小組立案調查。
監察委員針對國内廚餘回收工作推動經過及全國廚餘回收分離清運系統、多元再利用模式執行依據、回收率、推動回收工作、各級地方環保執行機關執行情形、國內廚餘回收工作面臨的困境及先進國家相關作法等，經深入瞭解後提出調查報告。該案調查意見指出相關機關缺失如下：
一、 國内廚餘回收工作自90年推動迄今，國內廚餘占垃圾量之比率未見顯著減少，甚至不減反增，回收率僅1成左右，近4年(101~104年)更呈現下降趨勢，凸顯廚餘減量及回收工作顯有加強改善之空間，行政院環境保護署(下稱環保署)亟應會同相關主管機關落實環境基本法之規定，積極研謀具體策略廣為教育宣導，並訂定相關獎勵誘因及辦法，俾使民眾樂於配合，勤於減量及回收，進而促進民眾將廚餘減量、資源回收再利用及「吃多少，煮多少，避免浪費食物(材)」等惜福愛物美德，落實深化於日常生活中。
二、 國內家戶廚餘應由各級地方環保執行機關負責回收，並公告其分類、收集時間、指定地點及清運方式，卻有部分縣市迄今未依規定確實分類及公告，甚至有部分鄉鎮迄未回收家戶廚餘，且回收方式、設備、頻率、路線及地點有無親民與便民並充分周知民眾，環保署卻疏未充分掌握，亦迄未列入督導考核項目，招致屏東縣等部分地 區民眾詬病與訾議，洵有欠周妥。
三、 國內廚餘平均高達7成以上回收再利用作為養豬飼料，縱行政院農業委員會(下稱農委會)及環保署咸認此舉可降低豬農飼養成本，尤可協助大量去化廚餘，惟先進國家不乏廚餘養豬之禁令，國內專家學者亦對廚餘養豬場所之安全衛生深感憂心，究竟國內現行相關作法與國際規範是否相符，以及該等養豬戶高溫蒸煮設備、動物防疫措施，及相關設施平時有無確實運作或僅徒具形式應付檢查，環保署與農委會自應各依職權積極輔導管理及查明妥處，以確保國人健康安全。
四、 國內公營廚餘堆肥廠囿於經濟規模、產品通路及異味等問題，致成效難以顯著提升，且養豬頭數漸趨減少，勢將連動降低廚餘需求量，凸顯國內廚餘回收工作面臨之窘境，反觀先進國家為有效解決廚餘等有機廢棄物問題，早已推動生質廢棄物再利用能源化及快速發酵等先進堆肥技術，國內雖曾試辦活化閒置八里蛋形消化槽等生質廢棄物能源化計畫，卻迄未見具體成效，環保署自應積極檢討突破相關瓶頸，俾迎頭趕上，除宜在目前國內尚乏焚化爐之縣市及各地荒廢、閒置設施研議設置推廣，並應積極輔導協助民間合法廚餘再利用事業，克服經營困境，以促進國內再利用市場永續健全發展，尤應確保國內各縣市垃圾、廚餘未來皆足以自行妥善處理無虞。
該案調查報告經監察院審議通過，相關調查意見請環保署、農委會切實檢討改進，請主管機關積極會商相關部會並督促所屬，就相關改善措施、具體改善成效，及如何有效突破國內廚餘回收再利用困境一事，研提具體改善措施及相關時間表。