針對網友批評「大巨蛋的缺失，監察院還可以不理」，監察院澄清指出，監察院已於97年11月11日立案調查，98年9月10日監察院教育及文化委員會決議通過糾正行政院公共工程委員會（下稱工程會）、臺北市政府，並針對臺北市政府與廠商簽訂之興建營運契約，提出39項缺失，要求市府確實檢討改進。
經監察院追蹤該案後續改善情形，臺北市政府進行環評後，已將樓地板面積減少為77,745.09平方公尺，粗估大巨蛋因減少面積而減少之商場及附屬設施市值約129.6億元、停車場空間約23.8億元，合計約153.4億元，原先園區塞滿建物之規劃，經減建後部分已保留市民享有空間之權益。
臺北市政府多次向監察院函復大巨蛋案改善情形，惟仍有下列2項缺失:
一、同意最優申請人變更協力廠商後，同意其重提投資計畫書，違反促參法相關規定之違失。
二、該計畫案「興建營運契約」議約條文內容，或有違政府促進民間參與公共建設意旨，或違反促參法相關規定；或增加廠商有利並減少其不利因素。
上述2項缺失已造成廠商原有權責及義務失衡，損害政府權益等違失，尚須持續密切督促，監察院於103年7月11日函請行政院自行列管，且第5屆委員上任後，對於有關陳情及相關新聞報導，均持續追蹤瞭解，並實地巡察大巨蛋園區，關切工程安全問題。